昭和３５年４月１日、北楢岡小学校と神清水（じんしみず）小学校が統合し「神岡町立第二小学校」として創設された学校です。
その後、北楢岡の「北」と神清水の「神」から、神岡町立北神小学校と改称。平成１７年３月には、市町村合併に伴い大仙市立北神小学校と改称しました。
現在の校舎は、平成５年度に新築されたもので、船の形をした外観から「北神丸」と呼ばれています。
本校は、大仙市の中心部から国道１３号線を北に約１０kmの位置にあり、鳥海の峰を南遙かに望み、緑の風が吹きわたる田園の中に建っています。
通学区は、北楢岡（１区〜１２区）、八石（はちこく）、戸月（とづき）、高花（たかばな）、宇留井谷地（うるいやち）、船戸（ふなど）、一本木（いっぽんぎ）からなっています。
残念ながら、児童数の激減により平成24年４月には、神宮寺小学校と統合することにが決定しており、今年度は、北神小学校５１年間の歴史をしめくくる閉校の年度となっています。
